اما با وقوع اختلافات بیشتر ‌و بروز برخی مشکلات، سرانجام پس از مکاتباتی که بین مقامات عالی‌رتبه و ذی‌ربط وقت کشور صورت گرفت، درخواستی در بهمن سال ۱۳۶۲ به امضای رئیس‌جمهور وقت، رئیس مجلس شورای اسلامی، رئیس دیوان عالی کشور، نخست‌وزیر و سیداحمد خمینی به امام راحل برای چاره‌جویی در این باره ارسال شد که حضرت امام خمینی(ره) در بهمن ۱۳۶۶ با صدور فرمانی، مجمع تشخیص مصلحت نظام را برای رسیدگی به این قبیل امور تاسیس کردند.

مجمع تشخیص مصلحت نظام در آغاز تاسیس، فقط برای تشخیص مصلحت در موارد اختلاف بین مجلس و شورای نگهبان تاسیس شد و در بازنگری قانون اساسی در سال ۱۳۶۸، پس از بحث‌های مشروح درباره جایگاه مجمع تشخیص مصلحت، وظایفی برعهده‌اش قرار گرفت تا به‌عنوان حلقه تکمیلی در حاکمیت نظام جمهوری اسلامی ایفای نقش کند.

تشخیص مصلحت میان نظرات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان برای خروج از بن‌بست‌ها، تهیه و پیشنهاد پیش‌نویس سیاست‌های کلی نظام جمهوری اسلامی در اجرای بند یک اصل ۱۱۰ قانون اساسی، مشورت دادن به رهبری، حل معضلات نظام با ارجاع از سوی مقام معظم رهبری و اعلام نظر در مورد استفساریه‌های مربوط به مجمع تشخیص مصلحت نظام از وظایف مهم این نهاد بر شمرده شده است.

به عنوان نمونه بسیاری از قراردادها و مقاوله‌نامه‌های خارجی از قبیل وام، ‌مباحث قضایی یا مسائل اقتصادی مصوب در مجلس شورای اسلامی، از سوی شورای نگهبان با ایراد مواجه می‌شود، زیرا شورای نگهبان وام‌ها را ربوی می‌داند و به آن ایراد می‌گیرد یا کمک‌های قضایی به کشور مقابل را، به دلیل اسلامی نبودن احکام کشور مقابل رد می‌کند، بنابراین چنین ایراداتی به مجمع تشخیص مصلحت ارجاع می‌شود تا مشکلات حل شود. بحث دیگر، بررسی سیاست‌های کلی نظام است. طی سه سال اخیر، رهبر معظم انقلاب مسئولیت دیگری را طبق اصل ۱۱۰ به مجمع سپردند و بر این مبنا نظارت بر اجرای درست سیاست‌های کلی نظام نیز از سوی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به این مجمع محول شده است، بنابراین نهاد مجمع پیشنهاددهنده سیاست‌های کلی و ناظر بر حسن اجرای سیاست‌هاست که نقش موثر و جدی دارد.

درخصوص اولویت‌های آینده مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز رهبر معظم انقلاب همچون گذشته در حکمی که برای اعضا صادر کرده‌اند، اولویت‌ها را به عنوان ایده اصلی مطرح فرموده‌اند و اعضای مجمع طبق این رهنمودها، سیاست‌ها را پیگیری می‌کنند.

محمدرضا باهنر – عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام